Chưa chứng minh được ngữ hệ Tuu có mối quan hệ phát sinh với ngữ hệ nào; tuy nhiên, nó có nhiều nét tương đồng với hệ Kxʼa. Điều này là do sự tiếp xúc và ảnh hưởng lẫn nhau (tức tạo nên một sprachbund) trong hàng ngàn năm.

Ngữ hệ Tuu từng được cho là một nhánh trong "ngữ hệ Khoisan" (ngày nay đã bị bác bỏ) dưới tên gọi Khoisan Nam.